Oaxaca es uno de los pocos estados de la República donde la fuerza militar desplegada ha aumentado durante este sexenio con una cifra aproximada a los 8 mil efectivos.

En el gobierno de Vicente Fox la Secretaría de la Defensa Nacional puso en marcha una nueva comandancia de zona, la 44, a cargo del general de brigada Jaime Castañeda Bravo, localizada en el poblado de Miahuatlán, donde tiene su sede el sexto batallón de infantería con una fuerza de alrededor de 800 soldados.

Datos oficiales del Ejército señalan que esta comunidad es la puerta de entrada a la sierra de los Loxichas donde hizo su aparición en 1996 el EPR .

En la práctica al estado se le patrulla por medio de dos zona militares y una guarnición, una de ellas la 29, localizada en Minatitlán le corresponde por posición geográfica la sierra chinanteca, mazateca y mixe, fronteriza del lado norte con tierra veracruzana.

La zona militar más antigua, la 28, con comandancia en Ixcotel, a cargo del también general de brigada Adolfo Domínguez Martínez, aglutina la mayor parte de efectivos repartidos en los batallones de infantería 98, 99 y 100, cada uno integra de 600 a 800 elementos. En este sitio también se encuentra la comandancia de la octava región, que encabeza el general de división Juan Hernández Ávalos, quien en la práctica es el jefe máximo de todas las tropas desplegadas en la entidad.

Incluidas las que están acantonadas en la guarnición militar de Puerto Escondido, al mando del brigada Jorge Campos García, de donde depende el 54 batallón que ahí tiene su sede, el 47 de infantería con cuartel en el poblado de Pinotepa, en la Costa Chica oaxaqueña, y el batallón 95 con asiento en el poblado de Juixtlahuaca, en la región serrana que corresponde a la compleja zona indígena triqui.

La Defensa Nacional tiene también dos regimientos de caballería que reúnen un número aproximado a los 600 efectivos cada uno, estos están localizados en Loma Bonita, sede del sexto, y en Ixtepec, base del 13. Sumadas todas estas unidades más un batallón de fuerzas especiales acantonado en la ciudad de Oaxaca sumarían alrededor de 8 mil efectivos, sin contar los elementos de la fuerza aérea estacionados en la base aérea de Ixtepec, en el Istmo.

En el caso de la Policía Federal Preventiva, el número de efectivos de esta fuerza desplegados en el estado de Oaxaca es imposible de determinar, dado que la Secretaría de Seguridad Pública federal argumenta que esta información es reservada.