Morelos se ha convertido en una zona de paso y de descanso para los narcotraficantes. Desde Amado Carrillo, hasta Arturo Beltrán Leyva han tenido ahí sitios de descanso. Diversos actores políticos han acusado que esa estancia no se entiende sin la complacencia de las autoridades estatales, acusación de la cual no se ha salvado su actual gobernador,Marco Antonio Adame, así como los ex mandatarios, Jorge Carrillo Olea y Sergio Estrada Cajigal.

Jorge Carrillo Olea

El 22 de enero de 1997 el diario New York Times publicó una investigación en la que presuntamente se vinculó a varios funcionarios mexicanos con el narcotráfico, entre ellos está el pirísta Jorge Carrillo Olea, gobernador de Morelos, a quien se le relaciona con Amado Carrillo Fuentes, "El Señor de los Cielos".

En 1998 Carrillo Olea solicitó licencia al cargo, luego de que se inició un juicio político en el Congreso de Morelos, por su responsabilidad al descubrir que el coordinador de la Policía Judicial, Armando Martínez Salgado, fuera descubierto intentando abandonar un cadáver en una carretera de Guerrero.

En febrero de ese mismo año, el Coordinador de la Policía Judicial de Morelos, Jesús Miyazawa Alvarez, fue separado de su cargo y puesto a disposición del Ministerio Público Federal para que informara sobre los hechos en los que  el jefe del Grupo Antisecuestros del estado de Morelos, Armando Martínez Salgado, pretendía deshacerse de un cadáver.

El 29 de enero de 2004, integrantes de la Segunda Sala del Tribunal Superior de Justicia de Morelos notificaron al ex gobernador Carrillo Olea su liberación de los cargos de incumplimiento de funciones públicas y ejercicio indebido de servicio público por falta de elementos.

Sergio Estrada Cajigal

En el año 2000, apoyado por el llamado "Efecto Fox", el panista Sergio Estrada Cajigal ganó la gubernatura. Su administración estuvo plagada de polémicas. Por ejemplo en el 2001,  la diputada Maricela Sánchez Cortés, presidenta del PRI en Morelos, lo acusó de peculado y denunció que el mandatario morelense utilizaba un helicóptero propiedad del estado para trasladarse a sus fiestas y "subir a sus amiguitas". A partir del escándalo la nave en la cual se trasladaba Estrada Cajigal fue conocida como "el helicóptero del amor".

El 24 de octubre de 2004 diputados del Congreso local aprobaron separarlo de su cargo. Los legisladores dieron luz verde al dictamen del juicio político en contra de Estrada Cajigal y el Legislativo local consideró al entonces mandatario "omiso a sus funciones" por mantener en el cargo a un jefe policiaco procesado por narcotráfico.

El 7 de abril de 2004 la PGR puso al descubierto una red de agentes ministeriales que daba protección al cártel de Juárez en Morelos, directamente a los narcotraficantes José Esparragoza Moreno "El Azul" y Vicente Carrillo Leyva. 

Dicha red era encabezada por José Agustín Montiel López y Raúl Cortés Galindo, ex coordinadores general y operativo de esa corporación, respectivamente, quienes fueron trasladados al penal de máxima seguridad de La Palma, estado de México.

Esta investigación llevó a identificar la red de protección al cártel de Juárez que operaba desde la policía ministerial de Morelos.

El 12 de abril de 2004 EL UNIVERSAL publicó que dos testigos interrogados por la PGR involucraron a Sergio Estrada con el narcotráfico. Idelfonso Ortiz, ex elemento de la Policía Ministerial de esa entidad, aseguró que el ex jefe policiaco José Agustín Montiel López recibía "pagos de diversos narcotraficantes, y por otro lado sé, porque así se platica, que el gobernador tiene un lazo sentimental con Nadia Esparragoza, hija de 'El Azul'”.

En septiembre de ese año la Suprema Corte de Justicia de la Nación suspendió el juicio político contra el panista, quien terminó su cargo.

El 28 de marzo de 2009 Estrada Cajigal renunció a su filiación panista.

El 22 de mayo de 2009 militantes del PRD en Morelos presentaron una denuncia ante la PGR en contra de Sergio Estrada  por presuntos nexos con el narcotráfico, además de lavado de dinero en las campañas locales llevadas a mediados de este año.

Marco Antonio Adame 

El 18 de mayo de 2009 los ex titulares de Seguridad Pública de Morelos y de la Policía Metropolitana de Cuernavaca, Luis Ángel Cabeza de Vaca Rodríguez y Francisco Sánchez González, respectivamente, fueron arraigados por 40 días junto con el comandante de la policía ministerial Salvador Pintado Vázquez y la civil María del Carmen Ríos Mendoza, para investigarlos por delincuencia organizada y delitos contra la salud.

El 19 de mayo de 2009 el líder nacional del PAN, Germán Martínez, dio un espaldarazo a la administración de Adame, pese a que se había iniciado una indagación de una presunta red de protección al cártel de los Beltrán Leyva por parte de corporaciones de seguridad de su administración.

El 21 de mayo de 2009 Jorge Carlos Díaz, líder nacional del Partido Socialdemócrata, aseguró que el panista Marco Antonio Adame estaba vinculado con el cártel de los hermanos Beltrán Leyva.

El 10 de junio de 2009 un comandante y ocho agentes ministeriales de Morelos, fueron detenidos por la Policía Federal en esa entidad, por su presunta vinculación con la organización criminal de los hermanos Beltrán Leyva.