"El Chapo" fue detenido el 9 de junio de 1993, en la frontera entre Guatemala y México, y enviado al penal de máxima seguridad "La Palma", hoy "Altiplano", ubicado en el estado de México.
El 22 de noviembre de 1995 fue trasladado al penal de Puente Grande, Jalisco, de donde escapó el 19 de enero de 2001, cuando cumplía una condena de 20 años de prisión por ilícitos contra la salud, asociación delictuosa y cohecho.
La versión de la fuga en el carrito de lavandería es poco más que un mito, en el libro Los señores del Narco,se detalla que hubo todo una operación para que el líder del cártel de Sinaloa quedara en libertad.
Cinco procuradores han estado al frente de la PGR desde la fuga de Guzmán Loera, y en diferentes tiempos se han pronunciado por la necesidad de recapturar al líder del cártel de Sinaloa.
La última vez que la Procuraduría declaró haber estado a punto de aprehender a "El Chapo", fue en enero del 2012, durante un operativo en Los Cabos, Baja California.
El presidente de EU, Barack Obama, aseguró que "El Chapo" caerá como ocurrió con Osama bin Laden, el ex líder de Al Qaeda, quien murió en un operativo norteamericano en Pakistán el 1 de mayo de 2011.